口袋妖怪叶绿三周目需要完成一周目主线、完整通关二周目七岛全部剧情、解锁华蓝洞并集齐专属船票道具后即可开启，三周目核心内容为挑战隐藏岛屿神兽、重复挑战强化版四大天王与劲敌，是原版游戏完整终局拓展内容。
完整开启流程需要按顺序完成多层前置任务，第一步先要打通一周目主线，击败四大天王与冠军青绿，观看通关动画回到真新镇，随后收集至少六十种不同精灵，携带捕获记录前往大木博士研究所对话，将关都图鉴升级为全国图鉴，未满足图鉴数量则无法解锁七岛相关剧情，自然无法推进至三周目阶段。图鉴收录方式不限，野外捕捉、精灵进化、饲育屋孵蛋获得的全新精灵都可计入数量，重复捕获同种精灵不会叠加计数，收集过程中可前往狩猎地带、双子岛、冠军之路等稀有精灵点位补足缺口，集齐数量后大木博士会主动告知前往枯叶市码头开启一之岛航线。
抵达一之岛精灵中心找到研究员阿锦触发宝石任务，前往灯火山右侧火箭队洞窟击败两名看守队员，深入洞窟底层拾取红宝石交还阿锦，解锁四至七之岛通行权限，之后依次推进四岛冰洞窟、五岛火箭队仓库、六岛不归洞穴、七岛祭坛全部支线，在五岛仓库深处拿到蓝宝石再次交给阿锦修复跨区域通讯设备，至此完整完结二周目七岛主线，同时解锁华蓝市外侧的华蓝洞，洞内底层可捕捉七十级超梦，完成神兽捕获后才算彻底结束二周目全部内容。原版游戏无原生途径获取八岛、九岛船票，模拟器与改版可通过商店神秘礼物功能、道具修改手段拿到神秘船票与极光船票，两张船票是开启三周目隐藏岛屿区域的硬性道具，缺少任意一张都无法完整解锁三周目全部内容。
集齐两张专属船票后返回枯叶市码头和水手对话，新增前往肚脐岩、诞生之岛的航线，登上两座隐藏岛屿即正式进入三周目，三周目内可捕捉洛奇亚、凤王与代欧奇希斯三只限定神兽，岛屿解谜需要借助冲浪、碎岩、怪力等秘传招式，诞生之岛三角石块需按固定缩短距离的路线触碰才能触发代欧奇希斯出现。除此之外三周目开放无限次重复挑战精灵联盟，四大天王与青绿精灵等级会小幅提升，配招新增高威力输出招式，对战难度高于一周目与二周目，关都全部道馆馆主也支持反复对战刷取经验与金币，七岛各区域会刷新高等级野生城都地区精灵，方便补齐全国图鉴剩余空缺，饲育屋可稳定培育稀有精灵蛋，完成全部收集与对战目标才算走完三周目完整流程。
