江南百景图的仓库体系分为实体材料仓库、内置建筑仓库、客栈附属香料仓库三类，分别存放生产物资、收纳建筑、经营香料，三类存储空间相互独立，容量互不通用。实体材料仓库是城内搭建出来的仓储建筑，收纳野外采集、农田林场产出的原生材料，还有工坊加工完成的半成品、成品物资，原木、黏土、蔬菜、鱼肉、布料、瓷器、菜肴、铁钉等常规产出物资，全部归入这一处仓库进行保管，漕运带回的跨城市物资同样会直接存入材料仓库当中。像铜钱、补天石、卷轴、加速票、珍宝、人物碎片，并不占用材料仓库的存储空间，拥有各自独立的存放面板，不会和生产资源混在一起，物资存放之前需要分清物品归属，避免误判仓库爆满的原因。
营造面板里的建筑仓库属于虚拟存储空间，不需要在地图上占用地块，收纳长按建筑选择收纳后的景观摆件、娱乐建筑、部分可移动生产建筑，牌坊、花坛、戏台、小摊、闲置农田都能够收纳存放于此，用来调整城市布局，或是储备物资和严大人进行建筑交换。民宅、道路、官府、驿站等基础功能性建筑无法收纳进建筑仓库，部分带有城市限定标签的建筑收纳之后，只能够在指定府城摆放，不能通过码头转运到其他城池使用，收纳上限存在固定格子限制，囤积大量摆件时很容易出现格子不足的情况。很多操作者会批量建造低价小型装饰存入仓库，用于兑换严大人携带的稀有建筑，操作时需要预留空余格子，避免收纳操作失败。
香料仓库依附客栈建筑存在，是单独划分的储物空间，只能够存放客栈经营使用的各类香料，花椒、香油、生姜、胡椒、红糖、八角等经营用料全部收纳在此，普通材料无法存入香料仓库，香料也不能放进城外的实体仓库当中。香料仓库的容量上限跟随客栈等级提升而上涨，不需要单独建造仓储建筑，提升客栈等级就能扩容。客栈开始营业消耗香料时，物资会直接从这个附属仓库扣除，不需要手动进行调配，经营前提前储备足量香料，能够避免客栈停工断档，日常采集获取到的香料会自动归入仓库，不需要手动转移物资。
仓库的扩容方式决定物资囤积的上限，免费建造的普通仓库基础容量250，补天石建造的砖砌仓库初始容量300，两类仓库都可以消耗基础物资完成升级，每一级提升固定存储量，前期优先把免费仓库名额全部建满，再逐步提升仓库等级，能够低成本扩充仓储上限。月卡特权开启之后，实体材料仓库会解锁无上限存储状态，特权失效之后库存物资不会被清除，只是恢复原有容量上限，物资只出不进，需要主动清理溢出资源，才可以继续存入新物资。开荒阶段不要盲目囤积全部物资，优先留存城市生产必备原料，多余物资可以通过码头运送到其他城池，以此缓解仓库爆满带来的生产停滞问题。
